Polska wersja anime została ocenzurowana, przez co czasami odbiega ono od oryginalnej fabuły.
W odcinku 3 pierwszego sezonu gdy Naruto niespodziewanie całuje Sasuke z policzka znikają mu wąsy.
W odcinku 3 pierwszego sezonu, podczas biegu Sakury i Ino do klasy, Sakurze z ubrania znika symbol jej klanu.
Podczas wykonania "Sexy Jutsu" przez Naruto na nauczycielu Iruce, zostaje usunięta krew lecąca z nosa (w mandze i anime będąca swoistą metaforą podniecenia seksualnego), z tego powodu wkłada on sobie zatyczki do nosa, które również winny być usunięte.
W trzecim odcinku (polskiej wersji) ocenzurowano przypadkowy pocałunek Sasuke i Naruto. Jednak jest on pokazany w 16. odcinku.
W epizodzie 10. Naruto i Sasuke proszą jednocześnie o dokładkę, zaraz po tym wymiotują, co ocenzurowano w polskiej wersji, jednak scena ta jest obecna w kolejnym odcinku, gdy Sasuke wspomina ten moment.
W polskiej wersji, odcinek 53 (i w dużym stopniu późniejsze) został znacznie uszczuplony ze scenek świadczących o perwersyjnej stronie Jirayi.
Z powodu polskiej cenzury usunięto wiele scen palącego papierosa Asumy – stąd losowy klip z odcinka w trakcie motywu przewodniego 3 sezonu.
W polskiej wersji wymazano fajkę z ust Trzeciego Hokage na różne sposoby ( m. in. przez zatrzymanie obrazu – tzw. "freeze frame"), to samo zrobiono z postacią Jirayi w odcinku 53.
Wszystkie postacie w Naruto chodzą w tych samych butach z nielicznymi wyjątkami np. Orochimaru.
Sceny, w której Konohamaru i Naruto przeglądają magazyn dla dorosłych nie było w mandze (komiksie)
W jednym z odcinków anime Naruto pewien most został nazwany „Mostem Wielkiego Naruto”. Most ten istnieje w Japonii i rozpięty jest nad cieśniną Naruto między wyspami Shikoku i Awaji, jest on zaliczany do najdłuższych mostów świata.